近年来，CRISPR/Cas技术飞速发展，基于该技术发展的分子检测方法具有快速、灵敏、特异、廉价等特性，已广泛应用于生命科学领域，尤其在病原体检测领域发展迅速。目前用于呼吸道病原体检测的主要有CRISPR/Cas12和CRISPR/Cas13等系统。

CRISPR/Cas13检测系统，张锋等开发了一种基于CRISPR/Cas13的SHERLOCK技术，为SARS-CoV-2提供了快速准确的诊断方法。通过使用合成的SARS-CoV-2的RNA片段，设计并检测了2个可识别SARS CoV-2特征的sgRNA，激活Cas13酶活性，切割报告分子，产生信号 。该技术最后需要将试纸条浸入反应体系中，通过辨识条带位置的不同来确认是否感染SARS-CoV-2。

诺贝尔奖获得者Doudna等报道了一种CRISPR/Cas13a和手机直接检测新冠病毒的RNA的方法 ，这是一种简便且便携的检测方法，实现从采样到检测的一体化。该装置通用小型精简的手机摄像头进行荧光测试。此外，因为手机摄像头具有高灵敏度、强连接性以及GPS和数据处理功能，所以这是一种可以应用到资源匮乏地区的实用工具，有助于即时检测 。

在CRISPR/Cas12检测系统，美国加州大学研究人员开发了一种基于CRISPR/Cas12的快速检测SARS-CoV-2的方法，称为DETECTR （DNA endonuclease targeted CRISPR trans reporter） 的病毒传感器。该方法具有与qRT-PCR相当的准确性，具有无需加热循环、快速、单核苷酸靶标特异性、无需复杂的实验室设备等优势  。 

此外，复旦大学牵头的研究团队报道了一种基于CRISPR/Cas12的“多相复式非连续生产法”用于检测SARS-CoV-2，俗称“一锅法” （opv CRISPR） ，是将逆转录环介导等温扩增技术 （RT-LAMP） 及Cas12a剪切整合到一个反应体系中完成检测 。在SARS-CoV-2潜在感染的临床样本的检测中，用opv CRISPR方法得到的结果和中国疾病预防控制中心批准的RT-PCR的检测结果达到100%的一致。这种“一锅法”的形式，可以完全避免扩增子的污染，实验操作步骤也被大大简化，具有很好的临床应用前景  。

虽然基于CRISPR/Cas的检测技术发展迅速，但是仍然存在一些障碍和局限性需要研究解决，首先受到PAM序列特点的影响，sg RNA设计的灵活性有限，设计相对复杂；其次CRISPR/Cas 系统识别目标位点以外的其他位点，产生“脱靶”效应，导致检测结果出现假阳性；因此，除了对现有CRISPR/Cas的诊断技术继续优化外，仍需发现、发展新型的CRISPR/Cas诊断系统，或与其他方法进行整合以提高应用的普适性，从而确保其具有良好的临床适用性。