压缩机是食品冷藏库最重要的设备，关系到整个食品冷藏库制冷系统的正常运行。因此，压缩机控制单元也是食品冷藏库工艺控制的重点。压缩机自身的安全保护有压力保护、温度保护、油压差保护、断水保护和电动机保护等。一般情况下，压力、温度、油压差保护等在制造时厂家已配套设置，使用时注意做到正确连接。其电气控制主要是电动机保护和断水保护等。在计算机控制中对压缩机的控制也最为关键。通过对压缩机、蒸发器风机、液位，温度等控制，结合显示、监视，记录等可实现对食品冷藏库的控制。
在冷库制冷系统自动控制后，由计算机控制，调用各控制单元、功能模块，可实现全部过程的自动控制。为此，需设计食品冷藏库控制程序。其控制程序应包括定时采样，库温控制模块、压缩机控制模块、综合功能模块及故障处理模块等等。计算机控制系统优热在于突破了传统控制模式，发展成以装置整体为对象，考虑到运行中各个参数之间的关联和影响的多参数综合控制，因此容易实现过程最优化控制。
食品冷藏库的自动化还应包括进出货物的自动化。实现自动化进出货物的冷库，一般采用特殊的起重机,如巷道堆垛起重机，沿轨道水平和垂直运动，向货架堆装或从货架提取货物，并和输送机进行货物进出库的自动化操作，操作人员无须进入是哦冷藏库内，大大改善了劳动条件。采用计算机实行冷库库温管理、仓储管理各种机械设备的运行控制、指令记忆和故障管理。
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